U 'The Matrix Resurrections', Neo (Keanu Reeves) u početku ima isto putovanje kao ono koje je imao u prvom filmu 'Matrix'. Zarobljen je u Matrixu sve dok mu netko po imenu Morpheus i djevojka s tetovažom bijelog zeca ne pomognu izaći. No, četvrti dio u filmskom serijalu 'Matrix' je nevjerojatno samosvjestan. Thomas Anderson svjetski je poznati dizajner videoigara koji radi za tvrtku Dues Machina.
'The Matrix' je trilogija igara koju je stvorio i misli da je Nea bazirao na sebi, Trinity na udanoj ženi po imenu Tiffany, a Smith na svojoj partnerici. Kada stvarnost njegovih okolnosti napadne ovaj izmišljeni svijet Matrixa, Thomas ima ono što misli da su mentalni slomovi. Kasnije se otkrilo da su ga ljudi dugo tražili, ali ga prije nisu mogli pronaći jer se način na koji ga ostatak svijeta vidi uvelike razlikuje od njegovog pravog ja.
Thomas je napravio Modal ili simulaciju koja se koristi za razvoj programa i sakrio nekoga tko je mješavina Morpheusa i Smitha. Ovaj novi Morpheus (Yahya Abdul-Mateen II) dolazi ga osloboditi zajedno s isključenim ljudima iz stvarnog svijeta i pretvara Thomasa, još jednom, u Nea. Ako se pitate je li on preživio na kraju 'The Matrix Resurrections', imamo vas pokrivene. SPOJLERI U NAS.
Ne, Neo ne umire na kraju 'The Matrix Resurrections.' Nakon događaja iz 'The Matrix Revolutions', u kojima on umire, analitičar (Neil Patrick Harris) prikupio je Neova i Trinityjeva tijela i uskrsnuo ih koristeći Anomaleum. Ubrzo je otkrio da niti jedan od njih pojedinačno ne vrijedi mnogo. A kad se povežu, dogodi se katastrofa. Ali ako ih drži razdvojene, ali dovoljno blizu, emocija daje ogroman izlaz energije. To je postao njegov nacrt u stvaranju novog pristupa u stvaranju energije za strojeve. Ljudi čeznu za stvarima koje nemaju, a ipak se boje izgubiti stvari koje imaju. To je postala sama definicija stvarnosti. I to je tako dobro funkcioniralo da većina ljudi ni ne napušta Matrix.
Neo poznaje ovog analitičara kao svog terapeuta, koji mu je davao plave tablete da uzima svaki dan. Nakon što je oslobođen simulacije, Neo saznaje da je prošlo 60 godina od njegove i Trinityne smrti. Pravi Morpheus je otišao , kao i Sion. Ali tu je Niobe (Jada Pinkett Smith), koja je služila kao general slobodnih ljudi i pomogla u izgradnji novog ljudskog grada, Io. Mir za koji su on i Trinity žrtvovali svoje živote postoji na načine koje on nikada nije mogao zamisliti. Ljudi i posebna vrsta strojeva poznatih kao Synthients sada rade zajedno.
Dok su ga vadili iz njegove mahune, Neo je primijetio da je i Trinity tamo. On uvjerava svoje ljudske spasioce, Bugs i njezin tim, da mu pomognu spasiti Trinity iz Matrixa. Kasnije to otkrivaju Smith, koji je stvarno bio Thomasov partner, također je oslobođen . Neo se suočava s analitičarem, koji mu daje ultimatum: preda se i vrati u svoju kapsulu ili će ubiti Trinity.
Na kraju, Neo dobiva pomoć od Niobe i Sati, programa koji je upoznao prije svih tih godina, zajedno s njezinim roditeljima. Odluče izvući Trinity iz njezine mahune. Međutim, Sati upozorava da, iako Trinity ne treba uzeti crvenu pilulu ako je izvađena na ovaj način, to ipak mora biti njezin izbor. A Trinity u konačnici bira Nea i slobodu. Čini se da završetak otkriva da su oboje dio Jednog. Trinity uči prva letjeti i spašava Nea. U završnoj sceni, kažu Analitičaru da će preurediti svijet prije nego što zajedno odlete .